Sequências de formas iniciais da variante de rápida propagação relatadas como circulando na África Ocidental podem ter resultado de contaminação.
Um estudo que propõe que os ancestrais da variante de coronavírus Omicron de rápida disseminação estavam circulando sem serem detectados na África por meses antes do alarme ser disparado, gerando uma discussão acirrada. O artigo, publicado na semana passada na Science, identifica sequências que os autores dizem serem dos predecessores do Omicron, que eles dizem estar se espalhando a partir de agosto de 2021, cerca de três meses antes de pesquisadores na África do Sul e Botswana notarem a chegada da variante em novembro daquele ano. Mas muitos pesquisadores acham que as sequências são provavelmente resultado de contaminação no laboratório.
“Estou um tanto cético em relação a este artigo”, diz Angela Rasmussen, virologista da Universidade de Saskatchewan em Saskatoon, Canadá. Rasmussen não está convencido de que a análise exclua a contaminação durante a preparação e sequenciamento da amostra, que é um problema familiar para os pesquisadores da área.
Os pesquisadores ficaram intrigados com o surgimento da Omicron. A variante contém uma série de mutações incomuns que não haviam sido vistas antes. Atualmente, existem três teorias para as condições que poderiam ter dado origem ao Omicron: que ele evoluiu gradualmente em uma parte do mundo onde os testes e o sequenciamento genômico são limitados; que se espalhou sem ser detectado em animais; e que as mutações se acumularam em pessoas com sistema imunológico comprometido infectadas por longos períodos.
A pesquisa no ano passado apoiou a terceira teoria, mas a análise mais recente sugere que o Omicron poderia ter evoluído sem ser detectado na África Ocidental, onde o sequenciamento é raro.
Omicron emerge
Como parte do estudo, laboratórios em 22 países africanos analisaram mais de 13.000 amostras de vírus coletadas de pessoas que tiveram COVID-19 entre meados de 2021 e início de 2022. Essas amostras não haviam sido sequenciadas no momento da coleta. A equipe desenvolveu um teste rápido e específico para identificar a subvariante BA.1 Omicron e a variante Delta. “Esta é uma maneira muito legal de fazer vigilância específica de variantes”, diz Joshua Levy, um matemático aplicado da Scripps Research em La Jolla, Califórnia.
Os pesquisadores descobriram que, no final de dezembro de 2021, a Omicron substituiu a Delta como a variante dominante em toda a África, começando no sul e subindo em direção ao oeste e leste, antes de assumir o norte da África.
Eles também sequenciaram cinco amostras de vírus de Benin, na África Ocidental, coletadas entre 22 de agosto e 27 de outubro de 2021, meses a semanas antes de o Omicron ser detectado pela primeira vez. A análise genômica da relação evolutiva entre essas sequências iniciais e Omicron sugere que elas poderiam ser seus ancestrais próximos.
As sequências iniciais continham algumas das mutações que tornam o BA.1 tão transmissível, diz o co-autor do estudo, Jan Felix Drexler, virologista do hospital da Universidade Charité, em Berlim. São “instantâneos de como era o vírus quando estava chegando à Omicron”. Drexler diz que o Omicron provavelmente evoluiu gradualmente ao se espalhar de pessoa para pessoa, muitos dos quais já podem ter desenvolvido alguma imunidade ao vírus.
Possível contaminação
Mas os pesquisadores que revisaram o estudo e as sequências do vírus de Benin, que foram postadas em um repositório público, dizem que as sequências provavelmente são falsos positivos.
O padrão de evolução observado nas amostras virais não segue uma ordem sequencial, o que seria esperado se o vírus evoluísse gradualmente ao longo do tempo, diz Joel Wertheim, epidemiologista molecular da Universidade da Califórnia, em San Diego. “Isso não parece a evolução do SARS-CoV-2, parece a contaminação do SARS-CoV-2.”
Outro sinal de alerta é que muitas das sequências de Benin parecem carregar várias mutações específicas da Delta, diz Levy. “É muito improvável que essas mutações tenham surgido em uma amostra não-Delta”.
Para explicar algumas dessas observações, os pesquisadores dizem que o vírus teve que passar por extensa recombinação – na qual os vírus trocam pedaços de RNA entre si – ou as sequências são o resultado de contaminação no laboratório. Richard Neher, biólogo computacional da Universidade de Basel, na Suíça, acha que a recombinação é improvável e não é consistente com o que foi observado na evolução do SARS-CoV-2 até agora.
Uma explicação alternativa que precisa ser mais investigada é que amostras contendo quantidades muito pequenas da variante Delta foram contaminadas com Omicron, diz Darren Martin, biólogo computacional da Universidade da Cidade do Cabo, na África do Sul.
“Considero essa a explicação mais provável”, diz Neher. “Dada a rapidez com que o Omicron se espalhou assim que entrou na população em geral, é improvável que tenha circulado por vários meses sem ser detectado” na África.
Drexler diz que ele e sua equipe usaram várias técnicas para garantir que seu sequenciamento fosse o mais robusto possível. Ele diz que agora eles estão verificando novamente seus dados com cuidado. “Caso tenha havido um erro, apesar de todas as nossas precauções, vamos lidar com isso de forma adequada, é claro.”
Vários pesquisadores solicitaram dados detalhados de sequenciamento dos autores do artigo, e muitos estão retendo o julgamento até que tenham interrogado os dados brutos. Drexler diz que está se preparando para enviar esses dados para um repositório público.
Em última análise, o estudo aponta para a importância do sequenciamento genômico para o rastreamento de doenças infecciosas. Pesquisadores na África do Sul detectaram o Omicron precocemente e este artigo destaca a força de sua vigilância genômica, diz um deles, Tulio de Oliveira, bioinformático do Centro de Resposta e Inovação a Epidemias da Universidade de Stellenbosch, que ajudou a soar o alarme sobre o Omicron.
Publicado em 09/12/2022 00h22
Artigo original:
Estudo original: