Uma tecnologia amplamente utilizada por empresas de testes genéticos comerciais é “extremamente não confiável” na detecção de variantes muito raras, o que significa que os resultados que sugerem que os indivíduos carregam variantes genéticas raras que causam doenças estão geralmente errados, de acordo com uma nova pesquisa publicada no BMJ.
Depois de ouvir sobre casos em que mulheres tiveram cirurgias agendadas após serem erroneamente informadas que tinham variações genéticas muito raras no gene BRCA1 que poderiam aumentar significativamente o risco de câncer de mama, uma equipe da Universidade de Exeter conduziu uma análise em grande escala da tecnologia usando dados de quase 50.000 pessoas. Eles descobriram que a tecnologia identificou erroneamente a presença de variantes genéticas muito raras na maioria dos casos.
A equipe analisou chips SNP, que testam a variação genética em centenas de milhares de locais específicos do genoma. Embora excelentes na detecção de variações genéticas comuns que podem aumentar o risco de doenças como o diabetes tipo 2, os geneticistas há muito sabem que são menos confiáveis na detecção de variações mais raras. No entanto, esse problema é menos conhecido fora da comunidade de pesquisa genética, e os chips SNP são amplamente usados por empresas comerciais que oferecem testes genéticos diretamente aos consumidores.
Caroline Wright, professora de Medicina Genômica da University of Exeter Medical School e autora sênior do artigo, disse: “Os chips SNP são fantásticos na detecção de variantes genéticas comuns, mas temos que reconhecer que os testes que funcionam bem em um cenário não são necessariamente aplicável a outros. Confirmamos que os chips SNP são extremamente fracos na detecção de variantes genéticas muito raras que causam doenças, muitas vezes dando resultados falsos positivos que podem ter um impacto clínico profundo. Esses resultados falsos foram usados para programar procedimentos médicos invasivos que foram ambos desnecessário e injustificado. ”
A equipe comparou os dados dos chips SNP com os dados da ferramenta mais confiável de sequenciamento da próxima geração em 49.908 participantes do UK Biobank e em outras 21 pessoas que compartilharam os resultados de seus testes genéticos de consumo por meio do Projeto Genoma Pessoal.
O estudo concluiu que os chips SNP tiveram um desempenho extremamente bom na detecção de variantes genéticas comuns. No entanto, quanto mais rara a variação, menos confiáveis os resultados se tornam. Em variantes muito raras, presentes em menos de 1 em 100.000 indivíduos, típicos daqueles que causam doenças genéticas raras, 84 por cento eram falsos positivos no UK Biobank. Nos dados de clientes comerciais, 20 de 21 indivíduos analisados tinham pelo menos uma variante causadora de doença rara falso-positiva que havia sido genotipada incorretamente.
O Dr. Leigh Jackson, professor de medicina genômica na Universidade de Exeter e coautor do artigo, disse: “O número de falsos positivos em variantes genéticas raras produzidas por chips SNP foi chocantemente alto. Para ser claro: um número muito raro, A variante causadora de doenças detectada usando um chip SNP tem mais probabilidade de estar errada do que certa. Embora algumas empresas de genômica executem o sequenciamento para validar resultados importantes antes de liberá-los para os consumidores, a maioria dos consumidores também baixa seus dados de chip SNP “brutos” para análise secundária, e esses dados brutos ainda contêm esses resultados incorretos. As implicações de nossas descobertas são muito simples: os chips SNP funcionam mal para detectar variantes genéticas muito raras e os resultados nunca devem ser usados para orientar o atendimento médico de um paciente, a menos que tenham sido validados. ”
O artigo publicado hoje no BMJ é intitulado “Usando chips SNP para detectar variantes patogênicas muito raras: avaliação diagnóstica retrospectiva baseada na população.”
Publicado em 17/02/2021 13h17
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