O tipo de chip usado em alguns testes de DNA de consumidores luta para separar mutações raras do ruído experimental, e um resultado positivo para uma variante rara do gene causador de câncer tem mais probabilidade de estar errado do que certo. Os resultados para variantes comuns são melhores, no entanto.
Os chips de polimorfismo de nucleotídeo único (SNP) são uma maneira mais barata de mapear genomas do que o sequenciamento genético completo. Usando grades de centenas de milhares de contas que reagem a variantes genéticas específicas brilhando em cores diferentes, esses chips podem mapear quaisquer partes de todo o genoma que seus projetistas escolherem. Eles são precisos para variantes genéticas comuns do tipo que podem rastrear ancestrais ou que estão vinculadas ao risco de diabetes tipo 2, mas com variantes genéticas mais raras, torna-se muito mais difícil separar dados de ruído.
Caroline Wright, da Universidade de Exeter, Reino Unido, e seus colegas mostraram agora que os chips SNP podem localizar variantes comuns de dois genes ligados ao câncer chamados BRCA1 e BRCA2 com 99 por cento de precisão. Porém, com variantes mais raras, era mais provável que mostrasse um falso positivo ou um falso negativo do que uma precisão.
O estudo das equipes usou dados do UK Biobank, que começou a coletar amostras de DNA para pesquisa de 500.000 pessoas em 2006. Todas essas amostras são processadas com chips SNP, mas a equipe de Wright analisou um subconjunto de quase 50.000 pessoas (55 por cento das quais eram mulheres) que também haviam sido testados com sequenciamento genético completo.
Variantes nos genes BRCA podem ser transmitidos de qualquer um dos pais e dezenas estão ligados ao câncer. Pessoas informadas incorretamente que têm variantes causadoras de câncer enfrentam exames adicionais e cirurgias potencialmente desnecessárias. Aqueles que foram informados incorretamente de que não têm as variantes genéticas podem perder intervenções preventivas.
A equipe descobriu que apenas 17 por cento das 189 pessoas que receberam um resultado positivo de BRCA em testes de SNP mostraram ter essas variantes por sequenciamento do genoma. Das 45.678 pessoas que receberam um sinal de aprovação do SNP, 65 mostraram-se realmente positivas. Outras 70 pessoas que tiveram resultados negativos dos dados SNP foram revelados por sequenciamento como tendo uma ou mais das 43 variantes causadoras de câncer.
A equipe também investigou variantes raras entre pessoas que enviaram seus próprios resultados de testes de DNA de várias fontes ao Personal Genome Project UK para pesquisa aberta. Apenas 21 indivíduos enviaram dados de SNP e de sequenciamento, mas todos eles foram rotulados incorretamente pelos chips SNP em relação ao BRCA.
Wright diz que os dados revelam que os chips SNP são “extremamente pobres” para detectar variantes de genes raros. Na verdade, para um indivíduo, um resultado positivo para uma variante patogênica muito rara tem mais probabilidade de estar errado do que certo.
Ela avisa que qualquer pessoa que receba um resultado negativo para variantes causadoras de câncer de um teste de DNA de consumidor não deve ter certeza de que o risco de câncer hereditário é baixo. Tampouco devem procurar intervenções médicas após um resultado positivo sem que os dados sejam validados por sequenciamento pelo médico. “Simplesmente não é a tecnologia certa para o trabalho”, diz ela.
A maioria dos testes de DNA de consumidores depende de chips SNP, embora os usados agora tenham se beneficiado de vários anos de pesquisa e desenvolvimento adicionais em comparação com aqueles analisados nos dados do Biobanco do Reino Unido por este estudo. Muitas empresas anunciam que seus testes podem rastrear as variantes BRCA, mas muitas vezes procuram apenas um pequeno número das mutações mais prevalentes.
Publicado em 16/02/2021 07h50
Artigo original: